轉錄組測序
不同雅羅魚種群在自然水域中分布具有多樣性，對鹽堿水質的耐受性存在較大的差異，在前期的生理實驗中我們也得到了相同的結果（見生理生化部分）。這種特性為我們研究魚類耐鹽堿的分子遺傳機制提供了非常好的實驗材料。目前，課題組正在進行耐鹽堿雅羅魚與非耐鹽堿雅羅魚mRNA水平上差異表達基因的轉錄組分析，以此期望批量篩選雅羅魚耐鹽堿相關候選基因及鑒定基因的表達情況。
目前測序工作已經完成，正在進行后續數據整理與分析。
芯片雜交
斑馬魚作為一種魚類研究的模式物種，其芯片已經市場化。基于生物芯片的豐富數據量和較為簡易的特點，采用斑馬魚基因芯片分析堿處理前后雅羅魚多組織基因表達譜的差異。采用的斑馬魚基因芯片涵蓋有接近44,000個探針，可以最大程度的代表全基因組的表達譜。雅羅魚和斑馬魚同屬于硬骨魚綱的鯉形目，具有較近的親緣關系，更加容易取得結果。
實驗結果顯示：
（1）30天脅迫條件下，3種組織中共有2489個基因轉錄水平明顯上調，其中鰓中1171個，腎中449個，腸中869個。有19個基因在3種組織中轉錄水平均發生了明顯上調，這些基因功能涉及DNA修復、信號轉導、基因表達調控、離子轉運、能量代謝調控以及細胞周期調控等。
（2）30天脅迫條件下，3種組織中共有1588個基因轉錄水平明顯下調，其中鰓中479個，腎中338個，腸中771個。有21個基因在3種組織中均發生了明顯下調，功能包括免疫應答、信號轉導、離子轉運、離子結合等。
（3）72小時應急試驗中，鰓中共有524個基因轉錄水平明顯上調，462個基因轉錄水平明顯下調，其中有157個基因在兩種條件下均上調，90個基因在兩種條件下都明顯下調。這些基因設計信號轉導，離子轉運，能量代謝，免疫應答等多個方面。
